海軍の下士官が殺害されると言う事件が起こる。
NCISの捜査官らが捜査を始めるが、イギリスの空母内の事件でイギリスの少佐が双方のつなぎ役として捜査にかかわる。
捜査官らが調べを進めていくとCIAの隠し金に絡んだ殺人だと分かる。
そしてそれに少佐が関与しているとわかり、行方を捜す。捜査官の家に少佐が侵入して、自分は罠にかけられたと説明する。
さらに捜査を進めていくとCIAの支部長が関係していることが分かる。
お金を横領しようとして下士官に反対されそれで殺害したことが分かる。
空母で逃亡しようとするところを捜査官らが待ち構えていて逮捕すると言う話だ。